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四进制造物主 第二十二章 锌指帝国

作者:非奇异矩阵 分类:其他 更新时间:2024-10-20 17:48:36 来源:882

3楼的窗口始终亮着暖黄色的灯,一亮就是三天。

第四天中午,菜菜在刺耳的门铃声中慌乱地跑到院门口签收了快递,迎着快递员嗔怪的目光连说了好几次不好意思。冰冷的雨滴连连砸在她的后脖颈,激得她不停哆嗦。

在返回细胞间的路上,她默默地抬头望了一下那熟悉的窗口,轻轻叹了口气。

那个老宅男的心情,一定和这天气一样乌云密布吧。继天使死亡后,打击接踵而来。皮卡丘第一枚蛋停止发育,大眼仔第三枚蛋也停止发育。他压了那么多的注,却连一把也没赢。

她在缓冲室门口拆开快递,抱着试剂盒快步走进细胞间。虽然金哥二世依旧没有编辑成功,但这仍是目前最稳妥的一注。她得再加把劲,好把那个老宅男从阴霾中拉出来。

而此时,菜菜口中的老宅男正窝在电脑前,桌上、地上、床上到处散落着密密麻麻满是英文字的纸,桌角的打印机仍在嗡嗡作响。

不一会儿,又有20张纸被吐了出来。卢赫给订书机换上新的书钉,咔嚓一下钉在那打纸的左上角。

一连几天,他都像嫩蚕啃桑叶一样,不眠不休地啃着他能找到的所有有关CRISPR和蜥蜴基因组的文献,却始终一无所获。

很快,他啃完了手里的这篇,咻地一下把它掷到了地上。又重新拿起桌角皱巴巴的、甚至已经被摸黑了的那叠纸。

那是几年前首次使用CRISPR系统敲除棕色变色蜥蜴酪氨酸酶基因的文献,以及该团队公开的部分测序的变色蜥蜴的基因组。

“没错啊,真的没错啊,001上测到了完全一致的片断。虽然敲的时候由于PAM序列的限制,少敲了6个碱基对。但没有任何证据表明,这遗留下的小片段是一种关键的表达。”卢赫把纸盖在脸上抓狂,“人家的白色小变色龙直到现在都还活着,为什么001的子一代那么快就得癌了呢?”

“为什么啊?”

他仰天长叹,捏着眉头细细思索,头脑中冒出了一个生物科研狗专属的大胆想法:

把这6个碱基对敲入其它守宫,如果子代患癌,就可以证明确实是它们的问题。

可随后他又苦笑着摇头,“开什么玩笑,你下得去手吗?”

他确实下不去手。一直以来,他都是在体外做电泳检测,测到足够高的剪切效率之后,才会考虑导入。相比于批量导入随机冒碰的方式,这种方法很慢、很低效。但作为一个10年爬玩,他不接受自己的宝贝们成为小白鼠。

退一步讲,就算能确认那些多余的碱基是癌症驱动基因,又有什么用呢?CRISPR系统里的PAM限制,就像是自然界甩给那些试图成为造物主的人一条锁链,让他们只能戴着镣铐跳舞。

想到这里,他不由打了个哈欠,吐出一口浊气,渡步到窗子前,对着滂沱的大雨发呆。

难道,只能用锌指了吗?

许久之后,他像是下了很大的决心,把窗子打开,抻着脖子嗓音嘶哑地喊了一句:“菜长虫——”

正在一楼的喂龟的菜菜,耳朵动了动。她狐疑地放下抱在怀里的龟粮罐,悄声走到门口探头。

她见院子里没什么动静,便又不甘心地打伞出去。许久未打扫的满地枯叶已被雨水浸湿,黏在脚上滑滑的,让她险些摔个跟头。

“你干嘛呢这么慢?”

熟悉的声音在头顶响起,菜菜惊喜地抬头,伞从肩上滑落,雨水直直打在额头上,但她并不觉得冷。

“呀!卢哥!你活过来了!”

卢赫递给菜菜一个眼刀:“你这是盼着我死好继承我的蚂蚁花呗吗?交给你一个任务,去联系几个能组锌指的厂家,询询价。”

“YesSir!”

恍然间,生活已回归正轨。菜菜坐在细胞间的电脑前,摇头晃脑地着哼歌,“打开受伤的翅膀,来为自己戴上,掉下的皇冠,无论世界有多疯狂。。。”

可没几句,她便噤了声。

她细细地检索锌指技术相关的信息,可出来的结果不是科普文章,就是老掉牙的学术论文。哪怕她在关键字中加上“公司”两字,某度检索页面的前几条却也清清白白干干净净地没有任何广告。

“咦?怎么没有呀?”

不光国内没有,国外也没有。高级检索搜出来的结果里,全部都是圣加蒙公司的新闻。圣加蒙就是那个在20多年前就垄断掉锌指相关技术,专门做基因治疗的老牌商业帝国。

可圣加蒙本身,现在也只接收基因治疗临床合作,不出售锌指组装平台和代组装服务。

于是菜菜叫来了卢赫。

卢赫刚刚沐浴完毕,洗掉了积攒了几天的浊气。他应声出现在细胞间里,头上还湿哒哒地裹着浴巾,被冷风吹得直哆嗦。

“怎么可能?圣加蒙的锌指专利早在两年前就过期了,怎么可能会没有仿制的?”

他不可置信地抢过鼠标,亲自检索了一遍,同样无果。

“嘿这帮厂家都是饭桶吗?两年了都仿不出一个专利。地上钱太多都懒得弯腰捡了是不是?”

他边碎碎念边掏出手机,播出了一个电话。

“欢迎您致电塔喀挼生物技术有限公司,请问有什么可以帮到您的吗?”

“啊,我找高经理。”

“好的,请问您贵姓。”

“卢。”

“好的,这就帮您转接。”

“卢先生您好,请问是又有什么采购需求了吗?”

“老高啊,我问你个事儿。你们公司能代组锌指吗?”

“抱歉了哈,我们没有这个产品。”

“那你们同行,或者上游厂家有没有啊帮我打听一下。”

“没有。”

“怎么这么肯定?”

“说实话,圣加蒙那专利刚过期的时候,我们就想仿了,但是没仿出来,就不了了之了。”

“怎么回事?是有什么技术上的难点吗?”

电话那头的人忽然压低了声音,“我跟你说了你可别瞎传啊。我们研发部门,一步一步照着专利做,过程极其顺利,可是一测效率就是百分之零。我们隔壁那几个厂也都是这样。说实话,我们都怀疑他们那专利有问题,按理说不可能复现不了的。”

“啊?”卢赫一时间消化不了。

“哎呀,就是这样。您是我们老客户了,才跟您说这么多。不过没有锌指也无所谓,我们这边建议您还是用CRISPR吧,又简单效率又高。没必要去死磕那种20年前的老古董。”

“好吧,谢了啊老高。”

“不客气不客气,有什么需要尽管联系我。”

卢哥挂掉电话,扯掉浴巾,又开始挠头,“专利还能有假?真当审查员是吃白饭的吗?”

“就是!”菜菜也不屑地说,“三个碱基对应一个氨基酸,DNA就只有四种碱基,理论上只有64种氨基酸序列,也就区区64种锌指来回组合,DNA的GPS不就有了吗?这有什么难的啊?”

卢赫听后不可思议地吸了一口凉气,摇着头拉过一把椅子,示意菜菜坐下。他满脸慈爱地看着眼前这个头脑和四肢都简单只有10根手指头发达的傻姑娘,说:“来,让为师考考你,你先说说,什么是锌指技术?”

菜菜一脸你绝对考不住我地回答道:“首先,根据‘中心法则’,基因组DNA通过转录和翻译两个步骤知道蛋白质生产。其中,转录指基于DNA模板的RNA合成,翻译指基于RNA模板的蛋白质合成,进而决定了我们的性状。”

“你曾经的偶像罗伯特·里德还发现,在RNA的合成过程种,有一种聚合酶起了关键作用。它就像生产流水线上的装配工人,根据包工头DNA提供的图纸,一个碱基、一个碱基地组装连接成RNA长链。”

“其次,里德还发现,RNA的生产过程中,除了DNA、RNA聚合酶和碱基原料以外,还存在一个叫做TFIIIA的转录因子。它就像一个指挥官,告诉RNA聚合酶从DNA图纸的哪里开始组装。这就解释了为什么所有体细胞都共享一个基因组,但血红蛋白只能在红细胞内合成,胰岛素只能在胰岛β细胞中生产。”

“最后,艾伦·克鲁格发现,TFIIIA之所以可以特异性结合DNA,是因为它有个DNA识别模块。其中数十个氨基酸围绕在游离的锌离子周边,形成一个像手指一样的立体结构,这就是锌指。”

“很好。”卢赫连连点头,“然后呢?”

“然后?然后不就是一个锌手指能够识别三个碱基序列,把多个锌手指组合在一起,连接上核酸内切酶,不就能完成特异性识别并且咔嚓一下子剪断DNA了嘛?”

菜菜说完得意地眨着眼睛望着卢赫,好像在说:快表扬我。

“没了?”卢赫追问道。

“没啦呀。3个碱基表征一个氨基酸,理论上氨基酸也就只有64种,找到对应的64个锌手指,排列组合在一起,实现对靶标基因的精确定位。”

“唉。。。”卢赫叹气道,“姑娘你还是太年轻。言之易,行之难。我之前总跟你说锌指组装起来很难你知道为什么吗?”

“对呀!为什么呀?按原理来看,组装锌指不就是有手就能干的事嘛?”

“因为锌指之间是会互相干扰的。比如,你想要组一个能特异性识别GGTAAGATC的锌指。你以为是把GGT、AAG、ATC对应的三个锌指粘起来就行了吗?不是的。锌指之间会互相干扰,GGT的锌指会稍微摸到AGG的A一点,同样ATC的锌指也会暗戳戳地碰一下AGG的G,反之亦然。这相当于有效的识别序列被模糊成了GGNNANNTC,使特异性结合的能力大大下降,脱靶能脱到姥姥家去。”

菜菜听后蹙起眉头,嘟着嘴默默沉思。

“不过克鲁格找到了一个十分‘优雅’的方式,解决了这个问题。每一个3碱基序列都有可能对应多个锌手指,早在30年前就积累出大几百个了,总能找到两个能和谐共处的锌指。对于GGTAAGATC来说,可以先找到和谐相处的GGT-AAG(A),再找到和谐相处的AAG(B)-ATC,最终再搜寻出一个AAG(C)使它和AAG(A)、AAG(B)结构类似,问题就解决了。”

“通过6个人就能认识全世界?”菜菜惊叹道。

“没错,就是这个道理。”卢赫点头称赞,“不过,虽然原理简单,但做起来很难。实际的锌指组装是一个极其困难且复杂的过程。我现在让你立刻要到马花腾的联系方式,并通知他赶紧V我50,你办得到吗?”

菜菜信服地摇了摇头。

“所以啊,这就是圣加蒙锌指专利的核心之处,快速设计和组装锌指。”

“那你之前为什么总说自己用锌指编辑火焰龟很难,是试了几千次冒碰出来的?”菜菜毫不客气地击中了卢赫的痛处。

卢赫把浴巾蒙到脸上,含糊不清地说:“这就是问题所在啊。圣加蒙垄断锌指技术这么多年,好不容易专利过期了,还仿不出来。现在想来,虽然我当初试了那么多次才成功,但倘若我不用他们的平台,我跟金哥永远都没有缘分相见。”

菜菜眼见着面前这个好不容易走出阴霾,又重归垂头丧气的人,连忙安慰道:“那我们买一套吧,买一套他们的组装平台。现在靶标基因位点和锌指数据都是现成的,你再组装一个编辑出金哥二世不是分分钟的事嘛?”

但她没想到是,卢赫听后竟更加抓狂了,他把浴巾从脸上拽下一半,忧郁地望着菜菜,“首先,他们不卖了。其次,卖我我也买不起。最后,我没有编辑金哥的锌指数据。当初在南州湾里德实验室用的他们的平台,是一体化的。你给它DNA序列和靶标基因,试剂盒一塞,它直接给你出合成结果。这是为了保护他们的商业机密。”

卢赫说完,两人同时陷入了沉默。他们现在的处境完全就是:我有一个很棒的想法,但我还差一个程序员。

卢赫的头顶冒着蒸蒸的水汽,水汽袅袅上升把头顶的白炽灯晕得一片模糊。他就这么仰着头,对着灯光发呆。

忽然,他的脑海中忽然闪过一瞬他看过不久的一篇论文。那是一篇用CRISPR技术编辑模板小鼠的文章,里面的对照组用的是锌指,通讯作者的单位是南州湾大学。当初里德实验室买下锌指平台时是永久授权,他们现在还在用!

他心中立刻冒出一个大胆的想法,“你说,我回到南州湾大学借着他们的平台去把金哥二世、莉莉白和皮卡丘一起造出来,这怎么样?”

菜菜狐疑地瞥了一眼卢赫,好似对方是一个异想天开的傻子:“您老年纪太大估计都已经忘了,里德那栋楼里可是有个三级实验室,进楼需要一道安检、一道刷卡闸机和一道人脸识别。请问您是打算偷摸溜进去还是硬闯呀?”

卢赫笑着摇头,“都不是,我是五好青年,我打算正大光明地进去。”

“那要怎么进去呀?”

“考进去!”

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